La diffusion de cette saison a commencé le 15 janvier et le 16 janvier 2006 avec quatre épisodes diffusées en deux soirées.

Accroche : « Il a disparu pour protéger son secret. Il a changé de nom et a commencé une nouvelle vie. Il pensait être en sécurité… Mais là, le Jour 5 a commencé. »

Jack vit sous le nom de Franck Flynn dans le désert de Mojave, il loue un appartement à sa nouvelle copine Diane et à son fils Derek. L'ancien président, David Palmer, est de passage à Los Angeles avec son frère Wayne pour publier ses mémoires. Mais David est abattu par un sniper. Michelle Dessler meurt aussi à cause d'une bombe placée sous sa voiture ; quant à Tony Almeida, qui vit à nouveau avec Michelle, il est soufflé par l'explosion et se trouve dans un état critique. Chloé échappe de peu à la mort et prévient Jack que deux personnes sur les quatre qui savaient qu'il était toujours en vie sont mortes (Tony est entre la vie et la mort).

Jack décide de tout faire pour comprendre pourquoi on a tué ses amis, et pourquoi il est accusé du meurtre de David Palmer.